ERP-Lab 台大醫院精神部 神經生理研究室

ERP, MMN, P50, schizophrenia, prodrome, MEG

Archive for the ‘實作第一線’


EEGLAB的Plug-In:

SCCN的EEGLAB plugins

也可以看德國來比錫大學BioCog BioCog Logo Cognitive incl. Biological Psychology (繼續閱讀…)

用speaker給刺激!

沒有耳罩式耳機、沒有耳塞式Foam insert earphone:只有用speaker給刺激!

Toyomaki A, Kusumi I, Matsuyama T, Kako Y, Ito K, Koyama T (2008): Tone duration mismatch negativity deficits predict impairment of executive function in schizophrenia. Prog Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry. 32:95-99.[Auditory stimuli (1000 Hz, 80 dB SL, 10 ms rise/fall) were
presented from a loudspeaker. Auditory stimulus sequences consisted of standard stimuli (n=2700, probability=90%) and deviant stimuli (n=300, probability=10%) delivered in random order, except that each deviant stimulus was preceded by at least eight standard stimulus. Tone duration of standard and deviant stimulus was 50 ms and 100 ms respectively.
]

MMN之Dipole source strength的設定!

 以下是De Sanctis, P., et al., 2009. Right hemispheric contributions to fine auditory temporal discriminations: High-density electrical mapping of the duration mismatch negativity (MMN). Frontiers in Integrative Neuroscience 一文中:Dipole source strength的設定! (繼續閱讀…)

NeuroScan要進行graph output

 

NeuroScan要進行graph output  有幾個方式

  1. 最直接快速的方式是將要輸出的AVG file開啟後,把欲輸出的channel點開後, 按滑鼠右鑑選”save image”即可(若要多個不同condition的AVG file疊在一起比較可以先點選”load comparison file”把想擺在一起的AVG點選出來)這方法的缺點是圖相當的不美觀, 等於是把分析時看到的圖直接拿下來用(可是最快)
  2. 或著,可以在AVG file中把欲輸出的channel點開來後,按右鍵點選”send data to waveboard”:waveboard是個簡單的作圖小軟體,裡面的設定應該一看就會用。這方法雖然會做出比較好看的圖,但跟journal paper上的還有好一段差距(但也比較不費工)
  3. 最後也就是要發表在國際期刊上時必須採用的方式:就是把AVG file另存成ASCII file (.dat),將純粹以資料點形式記錄的檔案匯入繪圖軟體來進行精細的作圖
    1. 可以考慮專業作圖軟體是SigmaPlot:但它有許多參數設定的東西,需要花不少時間
    2. 或許也可以考慮轉成ASCII file後:用SPSS或是excel來畫
 常用到的Neuroscan EDIT指令
  • Cut EPOCH
  • Multiple Window Settings中下列的顏色『Waveform/Waveform background/Windows/Text/Time ZERO』勿存

小畫家:

  • 橢圓形

EEGLAB!

要想了解EEGLAB:一定要先看過Scott Makeig的個人網頁
  1. EEGLAB functions in alphabetical order
  2. EEGLAB test functions – about 500 standalone test functions comprising about 5 000 calls to EEGLAB functions. More information and download instructions are available on http://sccn.ucsd.edu/wiki/EEGLAB_test_cases

  3. EEGLAB 2010 Archives by thread  http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/thread.html

  4. EEGLAB 2010 Archives by Subject http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2010/subject.html#start

國立交通大學EEGLAB研討會http://esciedu.nctu.edu.tw/eeglab_workshop/ch/top.php

  1. 日期:民國九十九年九月八日至九月十日 (繼續閱讀…)

ERP的SOP來了!

這一篇剛剛出版的刊登在 Current Protocols in Neuroscience 6.25.11, July 2010上之Electroencephalography (EEG) and Event-Related Potentials (ERPs) with Human Participants ,是UCSD的Gregory A. Light (繼續閱讀…)

MMN的amplitude計算: mean amplitude vs. peak amplitude

先看一下這一篇2005年:Tutorials in Quantitative Methods for Psychology期刊中的MMN概念之重要文獻

Statistical analysis of the mismatch negativity: To a dilemma, an answer

以下則是ERP泰斗 Steve Luck的評論: (繼續閱讀…)

如何精通MATLAB?

UW(西雅圖University of Washington)的MATLAB課程

  1. Introduction to Programming for the Behavioral Sciences http://courses.washington.edu/matlab1/

  2. 這是進階版,有上Psychophysics Toolbox!   Advanced Programming for the Behavioral Sciences    http://courses.washington.edu/matlab2/

    MATLAB central

    MATLAB入門(*EEGLAB所推薦)

  1. 執行MATLAB左下角之Start—–>Help—–>Contents—–>MATLAB—–>Getting Started: (繼續閱讀…)
  2. Tcl (Tool Command Language)for Neuroscan Edit

    何謂Tcl?  Wikipedia上的說明

    auditory MMN的TCL分析程序

    1. (proc ORTIZ)確認每一個不同刺激之總數
    2. 輸入檔案名與分組
    3. proc FIXBLINKS:
      1. FILTER high pass  [1Hz, 24dB] CNT檔案(以供下一步)
      2. ARTCOR – Ocular artifact correction
    4. proc MAKE_EOG
      1. 縮減電極數
      2. LDR – Linear Derivation.
      3. 目視檢查整個CNT檔案是否有問題(clipping) (繼續閱讀…)

    N100與P200之分析

    2008年5月 angeldopamin著

    使用Neuroscan TCL處理N100P200之分析後,有一些分析心得如下:

    1. 在S2 out of 20 ms的情況下,peak-to-trough不會有amplitude數值,但有些時候peak-to-baseline會有,而且這種狀況只出現在N1。

    ex. P50-SZPT-S001-SiBJ-0614, P50-SZPT-S060-HuYP-1102, P50-SZPT-S071-CaZS-1122

    2. P200的peak在baseline之下,導致peak-to-baseline計算法下的gating ratio為負值。 (繼續閱讀…)


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